平台服务-转录组-small RNA测序

small RNA测序介绍

small RNA是指长度在18~30nt的内源性RNA,包括miRNA,siRNA和piRNA等。它们在mRNA的转录及转录后水平的调控中发挥重要作用,参与细胞生长、分化、代谢等各个生物学过程,对生物体的正常发育和疾病过程起着关键作用。Small RNA测序是指基于高通量测序平台对目标样本的small RNA进行大规模检测,同时发现新的小RNA,结合生物信息学挖掘手段,研究small RNA的功能、结构和调控机制。

 

伯豪特色

  1. 样本处理:超过200种样本的RNA抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;
  2. 文库构建:兼容组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等特殊样本的建库能力;
  3. 质控管理:ISO9001认证,Illumina CSPro认证;
  4. 数据分析:学术界权威的算法;针对miRNA、siRNA、piRNA和tRFs的特定分析流程;全面的分析内容;灵活的定制分析;
  5. 项目成果:协助客户在miRNA、piRNA、tRFs领域发表多篇论文,影响因子12.861。

 

技术参数

  1. 样本类型:total RNA、组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体、其它体液等;
  2. 建库起始量:total RNA >=2 μg(低至10ng);浓度>=50 ng/ul;
  3. 测序模式:Illumina HiSeq SE50;
  4. 推荐数据量:>=20M reads/样本。

 

服务流程

实验设计——样本取材——RNA抽提——文库构建——测序——数据分析

 

数据分析

流程图

 数据分析内容列表

 

案例展示

案例一

上海伯豪携手上海生科院神经科学研究所在国际知名学术期刊Developmental Cell在线发表了题为《MeCP2调控DGCR8/Drosha复合物抑制microRNA加工和树突发育》的论文。该工作发现了孤独症相关蛋白MeCP2通过直接调控DGCR8/Drosha复合物影响microRNA加工及靶基因表达,进而影响大脑发育的新机制。 本研究利用高通量测序技术对MeCP2基因敲除小鼠海马区的成熟小RNA进行定量分析,发现MeCP2抑制了大量小RNA的产生。该研究揭示了孤独症相关蛋白MeCP2参与小RNA剪切加工的新功能,并提示此功能很是MeCP2基因突变导致发育性神经系统疾病的相关致病机理。
原文出处:Cheng TL, Wang Z, Liao Q, et al. MeCP2 suppresses nuclear microRNA processing and dendritic growth by regulating the DGCR8/Drosha complex. Dev Cell 2014, 28(5):547-560.

 

案例二

上海伯豪协助南京医科大学揭示PNLDC1对piRNA3’修剪的作用及雄性不育的机制,成果发表在著名期刊Cell Reasarch。Pnldc1突变小鼠表现出了减数分裂和精子发生时期障碍,这种功能缺陷与LINE1活性相关。文章证实了PNLDC1对于piRNA前体3’修剪具有必要的作用,使得30-40 nt piRNAs前体能够转化为成熟的piRNA。Pnldc1突变小鼠仍然能够正常进行5’piRNA修剪,但由于3’不能正常发生修剪,虽然能够与MILI蛋白结合,却不能发挥正常的生理功能,致使L1转座子不能正常沉默而导致雄性不育。
原文出处:Zhang Y, Guo R, Cui Y, et al. An essential role for PNLDC1 in piRNA 3′ end trimming and male fertility in mice.Cell Res. 2017, 27(11):1392-1396.