平台服务-表观组-简化亚硫酸盐测序(RRBS)

RRBS 介绍

Reduced Representation Bisulfite Sequencing(RRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,通过酶切富集启动子及CpG岛区域,并进行Bisulfite测序,同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的热点,与基因表达、表型性状息息相关。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法,在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

 

伯豪特色

  1. 建库质量高,每年五万例左右各种类型样本文库构建经验;
  2. 质控过程全程可溯,实时跟踪,反馈及时,确保数据真实可靠;
  3. 基础分析丰富,展示形式可个性化定制;
  4. 高级分析服务:专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件;根据客户的需求,提供多种个性化的实现方案。

 

项目流程

 

推荐测序模式

  1. Hiseq X-Ten,PE150
  2. 3G或5G clean data

 

样品要求

  1. 总量:≥ 3 μg DNA(常规样本),≥ 5 μg DNA(FFPE或降解DNA样本);
  2. 纯度:OD260/280 = 1.8-2.0;
  3. 样品完整性:DNA无明显降解与蛋白污染,需提供凝胶电泳检测胶图;
  4. 适用物种:人和小鼠。

 

数据分析内容

  1. 测序数据质量控制
    包括:总reads数、总base数,Q20比例、Q20位点分布图、碱基分布图。
  2. 测序数据预处理
    包括:去除总体质量偏低的reads,将质量大于20碱基所占比例小于50%的reads去除;去除3’端质量Q低于20的碱基;去除reads中所含有的接头序列;去除长度小于20的测序片段(reads),去除含有低质量N碱基的reads。
  3. 转化效率评估
    使用lamda噬菌体基因组作为内参,评价BS转化效率。
  4. 全基因组比对和mapping率统计。
  5. CpG岛区域、启动子区域及整个基因组的覆盖及不同深度关系。
  6. CpG/CHG/CHH位点覆盖率、测序深度、甲基化比例和染色体分布。
  7. 差异甲基化位点和区段筛选。
  8. 基因promoter、TSS、gene body区域甲基化水平计算和筛选。
  9. 差异甲基化位点或区段的CpG岛注释和基因注释。