生信分析-lncRNA和mRNA共表达分析

Demo结果

 

Demo结果解读

网络图为筛选出的核心基因之间的关系,通过图论的方法计算出关键lncRNA与mRNA,并通过关键lncRNA的共表达mRNA预测出其功能。

 

lncRNA和mRNA共表达分析介绍

共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达调控网络。通过研究lncRNA与mRNA的共表达关系,研究者可通过分析lncRNA调控能力,获得样本随实验变化的核心调控lncRNA。

 

分析要求

每组数据3个或3个以上生物学重复,每个样本均含有lncRNA与mRNA数据,差异基因或者关注的部分基因。

 

提供结果

  1. 图片文件(Network图),包括png,PDF格式;
  2. Cytocape文件:可以cytoscape打开进行细节调整;
  3. 文本文件:基因之间共表达相关性以及显著性,lncRNA,mRNA核心共表达的排序。