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单细胞核测序 | 胰腺组织和肺组织中的应用

前期软文我们整理了单细胞核测序(snRNA-seq)相对于单细胞测序(scRNA-seq)的一些优势,包括细胞类型多样性,酶解偏好性,样本类型(冰冻或者新鲜样本),酶解产生的应激性等方面。涉及的组织主要集中在脑,肾脏和心脏。其实,snRNA测序还有其他的优势,比如可以更好的研究基质内嵌的间充质细胞;减少线粒体相关基因,管家基因的检测;以及可以识别更多的lncRNAs。

2020/09/16详情 >
空间转录组 |10x spaceranger aggr 合并多个样本

10x空间转录组数据跑完Space Ranger之后都会生成单个样本的cloupe.cloupe文件,这个文件可以用Loupe Browser来对单个样本进行可视化,Loupe Browser操作简单、结果直观,非常适合不太会写代码的老师或同学来自己挖掘数据。

2020/09/14详情 >
胃肠道肿瘤│各种类型样本 RNA m6A 修饰研究攻略

本期的主题是胃肠道肿瘤,为大家搜集了RNA m6A修饰的相关研究,样本类型有全血、细胞和组织。其中全血样本的研究主要为了寻找标志物,而细胞和组织通常会结合出现,以便进行深入的机制研究。

2020/09/11详情 >
文献锦集 | 8 月单细胞测序高分文献汇总

伯豪生物通过互联网收集到8月单细胞测序相关文献41篇(平均IF>9),于本文末列出单细胞测序文献发表期刊、研究方向和技术平台等信息,伯豪生物随机挑选了其中5篇,供大家查阅,以期望提供更多单细胞测序科研思路给科研领域内的各位科研工作者。

2020/09/10详情 >
单细胞测序的热点及案例解读

伯豪生物单细胞测序常用研究方向分析,从客户单细胞揭示胰腺导管腺癌(PDAC)的异质性和恶化发展阐述单细胞测序的热点及案例解读,以图文并茂的方式阐述了单细胞测序科研技术成果,编者寄希望通过单细胞测序的热点及案例的解读带给读者更加适合的科研视角。

2020/09/09详情 >
文献集锦│8 月 DNA 甲基化研究新鲜速递

转眼8月已经过去,伯豪生物为大家精心收集了以DNA甲基化研究为主题的最新研究成果,截止发文,伯豪生物8月以DNA methylation为关键词检索到文献一共有536篇,伯豪生物精选了6篇作为重点分享DNA甲基化分析研究寄希望带给读者更多的DNA甲基化研究思路,包括帕金森、肠炎、妇科癌症和植物发育等DNA甲基化内容的研究等。

2020/09/08详情 >
空间转录组 | 最详细的 10x 空间转录组 summary 网页报告解读

一般我们拿到10x空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是web_summary网页报告,因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好,不好的问题在哪里,数据到底能不能用等等。这里来详细介绍一下怎么看10x 空间转录组web_summary网页版报告。

2020/09/07详情 >
转录组学 | 在胃肠肿瘤研究中的应用

转录组学是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律,从RNA水平研究基因表达的情况。借助转录组学来研究肿瘤的发病机制,寻找用于肿瘤诊断和防治的生物标志物一直是肿瘤研究热点,今天小编要和大家分享几例转录组学在胃肠肿瘤中的应用。

2020/09/04详情 >
空间转录组测序 | 5 分钟速学图像手动对齐!

前面介绍 Space Ranger 的使用的时候有提到过,一种是自动对齐(只需要提供图片文件),另外一种是手动对齐(除了需要提供图片文件,还需要提供图像组织位置跟 spot 对应信息的 json 文件)。本文带你一分钟了解 10x空间转录组Visium 的 图像手动对齐 应该怎样做!

2020/09/02详情 >
机器学习建模结合免疫浸润分析探究胃癌患者预后及潜在治疗靶点

具有完善基因表达数据和表型数据的大规模公共队列为开发肿瘤预后标志提供了可能。近年来,机器学习作为人工智能(AI)的分支,已经被成功用于建立肿瘤患者预后和治疗预测的模型。

2020/08/31详情 >
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转录组学 | 在胃肠肿瘤研究中的应用

转录组学 | 在胃肠肿瘤研究中的应用

转录组学是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律,从RNA水平研究基因表达的情况。借助转录组学来研究肿瘤的发病机制,寻找用于肿瘤诊断和防治的生物标志物一直是肿瘤研究热点,今天小编要和大家分享几例转录组学在胃肠肿瘤中的应用。

2020/09/04详情 >
Show Time| 单细胞核转录组测序­—乘风破浪呼啸而来

Show Time| 单细胞核转录组测序­—乘风破浪呼啸而来

单细胞转录组测序虽好,但是限制也不少于是乎... 追求完美的科研达人们纠结ai又犯了...Show Time|单细胞核转录组测序­—乘风破浪呼啸而来。

2020/08/07详情 >