伯豪生物
21 天拿单细胞 RNA 测序原始数据!
发布时间:2020-04-17 浏览次数:5911
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为什么要选择伯豪生物?

1、伯豪生物丰富的悬液制备经验

伯豪生物单细胞团队 2019 年自主消化了包括人、鼠、猪、鸡、鱼、羊、牛、水稻、杨树、番茄(植物样品抽提细胞核)等在内的近千例样品,平均上机率超过 60%(业内平均上机率为 35%-50%)。并在 2020 年 1 月制备悬液 100 余例,上机率达到 90%。消化过程均全部人工操作,积累了非常的单细胞悬液制备经验。

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2、较高的数据可重现性

单细胞团队在自主消化并获得原始数据后的分析结果显示:肝脏、胃、皮肤、肺、视网膜、脂肪、脑、息肉、肌腱、血管、胚胎、心脏瓣膜、耳蜗、胆管、睾丸、子宫内膜等的分群数据和测得的基因数目可以比较好的重现组织内部的细胞亚群特征,数据的可重复性比较高。成功协助部分实验室避免了研究人员由于学业的更替导致前后数据产出的不稳定。


视网膜分群数据(C0 亚群仍可继续细分亚群)


注: 从细胞注释的结果里可以看出,这批数据主要的细胞类型包括 9 大类,其中 T 细胞、NK 细胞和巨噬细胞占大部分。同时巨噬细分还分成了单核来源的巨噬细胞(MDSC-like cells)和肝脏固有的巨噬细胞(TAM-like cells)。


3、定制化的分析策略

单细胞团队在后期数据分析方面,整理了多套个性化分析思路(肿瘤类的单细胞分析已经联合 TCGA 数据库做更多高级个性化分析),目前正在为几十个科研团队提供定制化的单细胞数据分析服务。


整体亚群 GSEA 功能分析



细胞间通讯分析



肿瘤细胞的良性恶性区分:Case 组(癌)包含较多肿瘤细胞,Control(癌旁)没有检测到肿瘤细胞



Marker 基因的上游转录调控因子分析:

转录因子 SPI1(PU.1)激活了该亚群 marker 基因的表达,并且 SPI1 本身也是这个亚群的 marker 基因

活动解释权:

本活动的解释权归属于   上海伯豪生物技术有限公司。


人工服务:

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