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表观组-甲基化DNA 免疫共沉淀测序(MeDIP-seq)

甲基化DNA 免疫共沉淀测序(MeDIP-seq)技术简介

MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing),即甲基化DNA 免疫共沉淀测序。先用5′-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断,然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组,所需测序数据量较少,但不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。

 

伯豪特色

  1. 富集实验稳定,建库质量高,失败率极低,每年五万例左右各种类型样本文库构建经验。
  2. 质控过程全程可溯,实时跟踪,反馈及时,确保数据真实可靠。
  3. 基础分析丰富,展示形式可个性化定制。
  4. 高级分析服务:专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件;根据客户的需求,提供多种个性化的实现方案。

 

实验路线

 

技术路线

 

测序策略

  • PE150,40M reads  6G数据量

 

样品需求(基因组DNA)

  1. 样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净。
  2. 样品浓度:浓度不低于50ng/ul。
  3. 样品总量:每个样品总量不少于10ug。
  4. 样品溶剂:溶解在H20或TE (pH 8.0)中。
  5. 样品运输: DNA低温运输(-20℃);且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。

 

数据分析展示

图 1差异甲基化区段分染色体注释。红色代表高甲基化,蓝色代表低甲基化。适合样本较少,用于整体展示差异甲基化区段在染色体上的分布。

 

图 2甲基化区域全基因组展示。最外面一圈代表染色体编号,由外向里逐层代表不同样本,用于展示样本的全基因组甲基化状态。

 

图 3 甲基化与表达谱关联分析。把有差异的基因分别在纵坐标上显示表达的差异,在横坐标上显示甲基化的差异。适合在整体上展示甲基化与表达的负相关性。

 

图 4基因甲基化状态与表达相关性分析把相同的基因排在同一行上,热图展示各个基因的甲基化修饰与表达的水平及相关性。适用于对关键基因的展示。

 

图 5用于展示甲基化与表达的相互作用及调控的相关性。其中高表达的基因为红色,低表达基因为绿色;高甲基化基因为正三角形,低甲基化基因为倒三角形。

 

图 6甲基化程度在同不基因结构的均一化分布图。纵坐标代表甲基化程度,横坐标代表基因的不同位置。

 

案例解析

高盐条件下TET2诱发DNA去甲基化驱使Tfh细胞分化并促进自身免疫应答

Follicular helper T (Tfh) 细胞在自身免疫疾病(例如:系统性红斑狼疮)中起到重要的作用。生理状态下的高盐环境能够促进Tfh细胞的分化,并显著恶化MRL/lpr 小鼠的系统性红斑狼疮特性。研究发现,高盐环境诱发了TET2介导的DNA去甲基化。在经NaCl处理后,sh2d1a, map3k1, spn 和stat5b的表达显著升高,但只有spn受TET2的直接调控。该研究不仅解释了高盐诱发自身免疫应答的表观机制,而且为系统性红斑狼疮病人的临床干预提供了重要的靶标。

图 7 NaCl 诱导的DNA去甲基化导致spn表达升高,调控免疫应答信号通路。

 

原文出处: Wu H, Huang X, Qiu H, et al. High salt promotes autoimmunity by TET2-induced DNA demethylation and driving the differentiation of Tfh cells. Sci Rep.2016.