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超高性价比的基因测序来了‖超万例肿瘤研究
发布时间:2020-11-27 浏览次数:129
靶向外显子测序鉴定肿瘤基因组 SMARCA4 突变特征研究

文献一: 靶向外显子测序鉴定肿瘤基因组 SMARCA4 突变特征研究

2020.11 发表的 131688 例的肿瘤基因组图谱,该项研究通过靶向外显子组测序成功鉴定了 SMARCA4 突变的功能特征。SMARCA4 基因编码的蛋白质是 SWI/SNF 染色质重构复合物的催化单元,具有染色质结合和转录共激活因子活性的功能。该基因的重要旁系同源物是 SMARCA2。SMARCA4 的基因突变也与 Coffin-Siris Syndrome4 和 Rhabdoid Tumor Predisposition Syndrome 2 有关。在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中 SMARCA4 纯合突变非常普遍,也会导致生存率的降低。本项研究通过超大样本量确定了 SMARCA4 解旋酶结构域内以前未被鉴定的热点错义突变,这些突变的功能表征证明明显降低了重塑活性。SMARCA4 纯合错义突变的患可能受益于 SMARCA2 靶向治疗。

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文献二: 外显子测序鉴定 TARP 综合征患儿的 RBM10 突变

外显子组测序在临床诊断中能够帮助鉴定致病基因,是诊断患有可疑遗传疾病的个体的有效工具。一篇关于 TARP 综合征的患儿 RBM10 突变的 Case report 报告了一名男婴出生时有多个异常,包括双侧发育不良的肾脏,腭裂,双侧畸形足,双侧拇指和第一脚趾缺失。然而染色体分析和微阵列在内的产前检查并未发现多种先天性异常的原因。为寻找分子诊断进行产后外显子组测序。患儿及父母亲的外显子组测序发现了未报告过的母体遗传 RNA 结合基序蛋白 10(RBM10)c.1352_1353delAG(p.E451Vfs * 66)改变。RBM10 中的突变与 TARP 综合征有关,TARP 综合征是一种 X 连锁隐性疾病,具有房间隔缺损、Robin 序列、持续的左上腔静脉等表型特征。

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外显子组测序为预后不良的  TARP  综合征新生儿建立了分子遗传学诊断,解决了应用传统的检测方法无法提供候选突变信息的问题,并且可以为患儿父母提供有效的生育指导。其他报道的  TARP  综合征病例在临床表型上显示出明显的变异性。先前的患者尚未报道该婴儿的报道特征拇指发育不全和第一脚趾发育不全等,进一步扩充了这种罕见疾病的临床表型。

以上两篇文献是分别是外显子测序  /  靶向外显子测序在肿瘤队列研究与临床病例上的应用,全外显子组测序可一次性精准检测整个基因组中两万多个基因的致病突变,比全基因组测序性价比高。靶向外显子测序可以根据不同检测需求定制目标基因的外显子,针对性更强,测序成本降低,因此性价比上更胜一筹。

上海伯豪生物技术有限公司  DNA  产品线整合了测序和芯片平台,为客户提供从基因组测序、全外显子组测序、目标区域靶向测序、SNP  芯片和  CNV  芯片等高通量筛选,个性化的生物信息分析,到  MassARRAY  检测、多重  PCR  测序、Sanger  测序、qPCR  等中低通量验证的整体一站式服务。经过十余年的发展,累计完成  1600  个科研服务项目,涉及组织、细胞、全血、血清、血浆、FFPE  等各类实验样本  3  万余例,涵盖肿瘤、遗传病、复杂疾病、遗传育种等各个领域,协助客户在  Nature、Nat Genet、Nat Med、J Clin Oncol、Leukemia、PNAS、Cell Res  等高水平期刊发表论文百余篇。


参考文献:

1、Fernando TM, Piskol R, Bainer R, et al. Functional characterization of SMARCA4 variants identified by targeted exome-sequencing of 131,668 cancer patients. Nat Commun. 2020;11(1):5551. Published 2020 Nov 3. doi:10.1038/s41467-020-19402-8

2、Powis Z, Hart A, Cherny S, et al. Clinical diagnostic exome evaluation for an infant with a lethal disorder: genetic diagnosis of TARP syndrome and expansion of the phenotype in a patient with a newly reported RBM10 alteration. BMC Med Genet. 2017;18(1):60. Published 2017 Jun 2. doi:10.1186/s12881-017-0426-3.


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