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单细胞 ATAC 的 cellranger 质控不会看?看这篇
发布时间:2020-11-20 浏览次数:171
许多老师反馈在拿到单细胞ATAC的结果后,不会看cellranger中的信息,今天小编就为各位整理最新最全的scATAC cellranger质控结果的解读说明,赶快往下看吧!

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Figure1 样本的 cellranger 网页质控结果展示(顶部部分)

说明:绿色文本表示关键指标在预期范围内,而红色 / 黄色文本表示错误 / 警告。一些指标的解释可以通过点击?获得。summary 选项卡报告各种指标,包括样本信息、测序数据、细胞、细胞聚类、插入大小以及文库复杂性。

网页结果中更多更详细的表头注释见附件 1


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Figure2 barcode 排序图

说明:左侧是理想的结果,曲线呈急剧下降表明细胞相关的 barcode 与非细胞相关的 barcode 分离良好,右侧是不理想的结果,曲线呈圆曲线和缺乏陡峭的下降可能表明样品质量低或单细胞行为的损失。


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Figure3 barcode 中 fragment 数量分布图

说明:非细胞组和细胞组中每个 barcode 的 fragment 数量分布图。左侧是理想的结果,细胞和非细胞之间明显被分开。右侧细胞和非细胞存在明显的重叠,说明样本质量可能存在问题。


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Figure4 插入片段大小分布图

说明:横坐标代表插入片段的长度,纵坐标代表插入片段的长度对应的 fragment 数量。左侧图中转座酶跨越核小体的片段长度,一圈为约为 150bp 数量(nucleosome free、单核小体和二核小体片段)。插入长度 <200 bp 的片段中锯齿状对应 DNA 的螺旋距(~10.5 bp)。右侧图中曲线没有呈现对应的周期峰值分布,可能意味着由于样品质量低而导致染色质结构的损失。


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Figure5 TSS 附近的峰图分布

说明:横坐标代表转录起始位点上下游 1Kb 的位置信息,纵坐标代表标准化后的信号值。左侧是理想的结果,在 TSS 周围有大量的富集,已知这些区域比侧边区域的染色质开放程度更高。右侧是不理想的结果,TSS 位点附近的低富集(<5%) 可能表明不适当的裂解或染色质结构的丢失。


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Figure6 Single Cell Targeting Plot

说明:横坐标代表每个 barcode 的 fragments,纵坐标代表与 peak 重叠的 fragments 占总 fragments 比例。左侧图片,与细胞相关的每个 barcode 应该有有大量的片段,并且片段在 peaks 上的比例很高(蓝色,右上角)。差的样本:非细胞相关的每个 barcode 有少量的片段,并且片段重叠峰值的百分比较低(红色,左下角)。一个理想的样品应该在细胞和非细胞的两端有良好的分离


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Figure7 单细胞聚类散点图

说明:图中每个点代表 1 个细胞,结果中分别通过 cluster 和 depth 进行绘图。左侧图片显示不同颜色的代表不同的 cluster,区分度良好。

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