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代谢组学 | 一篇文章告诉你如何收集样本!
发布时间:2020-04-23 浏览次数:434
之前我们略述了代谢组学的课题设计,按照设计的思路进行实验后,就需要进行代谢样本的收集了。今天咱按照不同类型的样本,给大家提供一点收集的建议。

之前我们略述了代谢组学的课题设计,按照设计的思路进行实验后,就需要进行代谢样本的收集了。今天咱按照不同类型的样本,给大家提供一点收集的建议。

一、针对细胞类型样本,可分为四类如下:

1、贴壁细胞


2、悬浮细胞


3、微生物

4、 胞外代谢产物


四类细胞样本处理方法如下:

1、贴壁细胞

去除培养基,采用预冷的 PBS 清洗 2 - 3 次,离心弃去上清,加入 1ml 60% 冷甲醇,把培养容器中的所有细胞都刮取干净,收集在 1.5ml 离心管中,液氮速冻后 -80°C 保存。

2、悬浮细胞

离心收集悬浮细胞,用预冷的 PBS 清洗 2 - 3 次,离心弃上清,收集细胞于 1.5ml 离心管中,液氮速冻后 -80°C 保存。

3、微生物

取生长对数后期的或者稳定期中段的微生物,低温离心(4°C, 12000rpm, 10min),沉淀微生物,去掉上清液,放入液氮中或 -80°C 保存。

4、胞外代谢产物

培养基上清收集后液氮淬灭,冻干处理后 -80℃保存。


二、针对植物样本可按部位分为根、茎叶、果实及培养液等,其样本处理方法如下:

1、根

取植物的根部 50mg 以上,用 PBS 漂洗掉根上的泥土后用吸水纸吸掉多余水分,装入离心管,立即用液氮速冻处理 15min,于 -80°C 下保存。


2、茎、叶、花等

参照实验设计取特定组织部位 50mg 以上。用锡箔纸包裹并标记后,立即用液氮速冻处理 15min,于 -80°C 下保存。


3、果实

将同组的植株种子混匀后分装 50mg 以上至冻存管中,立即用液氮速冻处理 15min,于 -80°C 下保存。(如果果实外壳较硬,需要用粉碎机打碎过筛。)


4、植物培养液

直接低温离心(4°C, 12000rpm, 10min),取上清液,移至 1.5mL 离心管,200μL 分装后,于 -80°C 下保存。



三、针对临床和动物类型样本,其样本处理方法如下:

主要可分为体液(血清、血浆、尿液、泪液、脑脊液等)和组织类型(肝脏、肿瘤、肌肉、粪便等)等,处理方法如下:

1、血清

血液收集在不含抗凝剂的离心管中 4°C(或冰浴)静置 1h 进行凝固分层,低温离心(4°C, 12000rpm, 10min),取上清转移至干净的离心管中。取上清分装到 1.5mL 离心管中,每管 0.2mL,于 -80°C 下保存。


2、血浆

使用肝素钠抗凝管采集全血,轻轻摇晃采血管(避免红细胞破裂)使抗凝剂和血液充分混合,低温离心(4°C, 12000rpm, 10min),取上清液分装到 1.5mL 离心管中,每管 0.2mL,于 -80°C 下保存。


3、尿液

取称取中段尿到离心管中,低温离心(4°C, 12000rpm, 10min),吸取澄清尿液分装到 1.5mL 离心管中,每管 0.2mL,于 -80°C 下保存。



4、粪便 & 肠道内容物
取新鲜粪便或内容物,分装样本到离心管中,每管 50mg 以上,后立即用液氮速冻处理 15min,于 -80°C 下保存。


5、组织(肝脏、肿瘤、肌肉等)

根据实验设计取特定组织部位,如果组织上有血液残留,用生理盐水将其漂洗掉,按照 100 mg/ 样本装入冻存管中;后立即用液氮速冻处理 15min,于 -80°C 下保存。


以上是主要常见的几种样本类型采集方式啦,不过生物样本类型多样,童鞋们有其他类型的样本不确定如何收集可与我们直接沟通~

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