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ATAC-seq 研究常见思路分享
发布时间:2020-04-22 浏览次数:699
在有限的细胞核空间中,基因组的大部分是紧密折叠的,仅留下需要转录的部分是开放的。打开的染色质,就允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)跑过来与之相结合。而染色质的这种特性,就叫做染色质的可及性(chromatin accessibility)。ATAC-seq是利用高通量测序检测转座酶易接近的染色质的技术。 ATAC-seq只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。

在有限的细胞核空间中,基因组的大部分是紧密折叠的,仅留下需要转录的部分是开放的。打开的染色质,就允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)跑过来与之相结合。而染色质的这种特性,就叫做染色质的可及性(chromatin accessibility)。ATAC-seq 是利用高通量测序检测转座酶易接近的染色质的技术。ATAC-seq 只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。

应用方向

1、肿瘤研究;

2、胚胎发育;

3、免疫系统疾病。


案例分享 [1]  




研究思路            



研究结果            

综上所述,作者发现 IHs 的核染色质比正常组织的核染色质更开放,这证实了 IHs 的新血管化和肿瘤特征,以及表观遗传学在 IHs 中确实发挥了作用。共鉴定到 252 个基因,分别为 SPDEF、REVERB、TBX20、EBF1、SOX4、GATA:SCL 和 SOX6。认为 TFs SPDEF 和 SOX4 可能参与了 IHs 的发病机制。SPDEF 可能通过 EPHA5、zbtb46 和 SASH1 起作用,而不是引起差异表达;SOX4 可能通过 MMP12 和 HIVEP3 发挥作用。在增殖中期和晚期,不受调控的 EPHA5、ZBTB46 或 SASH1 发挥抑制作用,而 mmp12 或 HIVEP3 的促进作用被下调。研究结果提高了对 IHs 的认识。


案例分享 [2]     

      


研究思路            


研究结论            

文章使用高灵敏度的 ATAC-seq 分析人 α 细胞和 β 细胞中的开放染色质,精确定位潜在的 α 细胞和 β 细胞特异性基因的调控区域。与人 α 细胞和 β 细胞转录组的整合发现了这两种细胞类型的特征基因。对 ATAC-seq 所定义的开放染色质区域与一些糖尿病风险 snp 位点有重叠,以及对可能在 α 和 β 细胞中发挥重要作用的新转录因子有富集。本研究为未来的研究提供了一个重要的数据集和多种新的研究途径。

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