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​DNA 甲基化研究,该如何选择合适的技术?怎么发文章?
发布时间:2020-04-21 浏览次数:460
DNA甲基化(DNA methylation)是目前研究得最清楚、也是最重要的表观遗传修饰形式,主要是基因组DNA上的胞嘧啶第5位碳原子和甲基间的共价结合,胞嘧啶由此被修饰为5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)。别看这只是一个小小的改变,它所起到的作用却是巨大的!有些科学家甚至将DNA甲基化叫做“第五种碱基”!

DNA 甲基化(DNA methylation) 是目前研究得最清楚、也是最重要的表观遗传修饰形式,主要是基因组 DNA 上的胞嘧啶第 5 位碳原子和甲基间的共价结合,胞嘧啶由此被修饰为 5 甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)。别看这只是一个小小的改变,它所起到的作用却是巨大的!有些科学家甚至将 DNA 甲基化叫做“第五种碱基”!


DNA 甲基化研究技术目前接受度最高的检测方法都是基于亚硫酸氢盐转化,经历了科学的检验,目前接受度最高的检测方法基本都是基于亚硫酸氢盐转化,可达到单碱基的分辨率。伯豪自 2008 年开始提供 DNA 甲基化检测技术,目前已搭建芯片和高通量测序平台、包括中低通量验证的 DNA 甲基化检测平台。



但这么多方法,我们到底应该怎样根据自己的实验设计选择合适的 DNA 甲基化研究技术呢。下面小编就带大家一起来深入扒一扒;


有 3 个要点:

1. 首先明确研究对象,也就是研究物种;

2. 样本 DNA 得率有多少?;

3. 结合研究目的(这一点就较为个性化)。

结合下面思维导图,问出这 3 个问题,我们就能很快选出合适自己研究的技术啦~


其实做之前我们只需要问自己上面 3 个问题,就基本可以确定该选择哪个技术啦。上述的 4 项高通量筛选技术,都有各自的技术限制,比如 850K 芯片只能做人,甲基化捕获测序则弥补了 850K 芯片只能做人的缺陷,可以做大小鼠,所以一般做药物研究,需要用大小鼠做模型的客户,我们都推荐是使用甲基化捕获测来研究。其次 cfDNA、单细胞样本中提取的 DNA 量通常都很低,普通的 DNA 甲基化研究技术都无法完成,因为经亚硫氢盐转化后,会造成 DNA 的损耗。伯豪新推出的单细胞全基因组甲基化测序技术,适用于超微量 DNA 甲基化研究。下表是各研究技术的具体参数。


相信到这里,各位老师,应该清楚该怎么选择合适的 DNA 甲基化研究技术了。其实目前单一组学上的研究,已经不香了,想要研究更上一层楼,通常需要再加上转录组学,做联合分析,甚至做多组学的研究。伯豪目前也推出了联合分析的促销方案,助力各位老师的科学研究。

结合多组学联合方案

伯豪现已协助多位老师,完成了 DNA 甲基化与转录组数据的联合分析,部分文章已见刊。下面是非常典型的一篇文章。

DNA 甲基化和 mRNA 表达谱的联合分析发现参与临床无功能垂体腺瘤再生的关键基因
Integrated analysis of DNA methylation and mRNA expression profiles to identify key genes involved in the regrowth of clinically non-functioning pituitary adenoma

发表期刊  

Aging (Albany NY)

影响因子  

IF=5.515 

杂志中科院分区

中科院杂志分区   2 区

通讯作者所在单位

北京天坛医院神经外科

伯豪公司提供的产品或服务

Illumina Infinium MethylationEPIC 850K BeadChip

SBC human ceRNA array V1.0 (4×180 K)

摘要简单描述

肿瘤再生是临床无功能垂体腺瘤(NFPA) 的一个重要特征。目前尚无适用于术后患者的预后评估方法。作者旨在发现 DNA 甲基化生物标志物用于预后评估。对 71 例 NFPA 患者的肿瘤样本进行了 DNA 甲基化芯片和基因表达谱分析。对比再生组和非再生组确定差异表达基因和差异甲基化基因。发现 13 个基因的 DNA 甲基化与基因表达负相关。通过无进展生存分析发现,FAM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 与肿瘤再生有关。基于 13 个基因建立预后预测模型,6 个基因模型的 AUC 值最高 0.820。通过焦磷酸测序和 RT-PCR 对预后生物标志物进行验证。单变量 Cox 回归发现 FAM90A1 和 ING2 是肿瘤再生长的独立预后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表达水平与肿瘤的再生有关,可以作为预测 NFPA 患者预后的生物标志物。



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