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表观线 | 甲基化芯片客户高分文章大赏
发布时间:2020-04-20 浏览次数:428
伯豪生物目前已经先后建成DNA甲基化检测芯片/二代测序平台、RNA甲基化分析平台,组蛋白修饰分析平台、转录因子分析平台和开放染色质分析服务平台。2012年至今,伯豪生物表观产品线已经累计为客户完成约1000例以上科研服务项目,涉及组织、细胞、全血、FFPE等各类实验样本约2万例以上,涵盖肿瘤、胚胎发育、复杂疾病等各个领域,协助客户在J Clin Oncol、Nat Commun、PNAS、Ann Rheum Dis等高水平期刊发表论文30余篇,累计影响因子150以上(累计到2020年3月)。下面让我们一起来欣赏下部分高分文章吧。

伯豪生物目前已经先后建成 DNA 甲基化检测芯片 / 二代测序平台、RNA 甲基化分析平台,组蛋白修饰分析平台、转录因子分析平台和开放染色质分析服务平台。2012 年至今,伯豪生物表观产品线已经累计为客户完成约 1000 例以上科研服务项目,涉及组织、细胞、全血、FFPE 等各类实验样本约 2 万例以上,涵盖肿瘤、胚胎发育、复杂疾病等各个领域,协助客户在 J  Clin Oncol、Nat Commun、PNAS、Ann Rheum Dis 等高水平期刊发表论文 30 余篇,累计影响因子 150 以上(累计到 2020 年 3 月)。下面让我们一起来欣赏下部分高分文章吧。


高分文章赏析

一、伯豪客户发现预测早期肝癌后可复发的甲基化标志物

CpG Methylation Signature Predicts Recurrence in Early-Stage Hepatocellular Carcinoma: Results from a Multicenter Study


发表期刊   

Journal of Clinical Oncology

影响因子

IF=26.303  

中科院杂志分区

1 区

通讯作者所在单位

中山大学肿瘤防治中心

伯豪公司提供的产品或服务

Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip


摘要:

在全世界范围内,每年因肝癌死亡的病例超过 50 万,是主要的致死恶性肿瘤之一。目前对于术后患者缺乏准确预测体系或标志物。本研究建立了一种预测早期肝癌病人术后复发的模型。研究这采用 450K 芯片检测了 66 例病人样本,过滤得到 2550 个差异位点。通过比较两种算法得到的差异 CpG 位点,共筛选出 46 个 CpG 位点。研究者随后在一组内部样本和两组外部样本进行了检测。为了建立临床上可用于预测个体复发的模型,综合考虑了协变量后,研究者用诺模图建立了可以用来预测的模型,三个矫正点的检测均得到理想结果。最终,研究者建立了一种诺模图,用来预测早期肝癌患者的术后复发风险。



二、伯豪客户发现在肝癌复发中起重要作用的 lncRNA

Recurrently deregulatedlncRNAs in hepatocellular carcinoma


发表期刊   

Nature Communications

影响因子

IF=11.880

中科院杂志分区

1 区

通讯作者所在单位

清华大学生命科学学院

伯豪生物提供的产品或服务

Illumina InfiniumHuman

Methylation 

450K BeadChip RNA-seq

Affymetrix CytoscanHD 

arrays


摘要:

肝癌细胞(HCC)经常侵入门静脉系统并且发展成为门静脉肿瘤血栓(PVTT)。在此,清华大学联合上海东方肝胆医院研究人员通过对 20 个病人的 60 个临床样本进行 RNA-Seq 鉴定到了 8603 个可能的 lncRNA。其中 917 个 lncRNA 在 TCGA 数据库以及发表的肝癌数据库中有关联,235 个 lncRNA 存在 CNVs 和 DNA 甲基化变化。很多与 lncRNA 共表达的基因富集在细胞粘着、免疫反应以及代谢过程等通路上。HAND2-AS1 还通过 RNAi 的敲降进行了部分功能研究。研究结论对 lncRNA 在肝癌的发生与转移过程中研究具有重要意义。


三、预测成人 T 淋巴细胞淋巴瘤复发的甲基化标志物

A CpG Methylation Classifier to Predict Relapse in Adults with T-cell Lymphoblastic Lymphoma


发表期刊   

Clin Cancer Res

影响因子

IF=8.911    

中科院杂志分区  

1 区

通讯作者所在单位

中山大学肿瘤防治中心

伯豪生物提供的产品或服务

Illumina Infinium 

MethylationEPIC 850K 

BeadChip


摘要:

成人 T 细胞淋巴母细胞淋巴瘤(T-LBL) 通常受益于急性淋巴细胞白血病(ALL) 样方案的治疗,但大约 40% 的患者在接受这种治疗后会复发。作者评估了 CpG 甲基化在预测成人 T -LBL 治疗复发中的价值。分析来自 27 个医疗中心的 549 名成人 T -LBL,使 850K 芯片,通过两种算法从 49 个 T -LBL 样品中鉴定出 44 个与复发相关的 CpG 位点。使用 LASSO Cox 回归基于训练队列(n = 160)中 CpG 位点甲基化水平与无复发生存期(RFS)之间的关联关系构建了一个四 CpG 分类器。在内部测试队列中对该四 CpG 分类器进行了验证(n = 68)和独立验证(n = 321),结果显示基于四个 CpG 位点的分类器将训练队列中复发高风险的 T -LBL 患者与低风险的 T -LBL 患者区分开(p <0.001),并可用于指导治疗决策。


四、DNA 甲基化和 mRNA 表达谱的联合分析发现参与临床无功能垂体腺瘤再生的关键基因

Integrated analysis of DNA methylation and mRNA expression profiles to identify key genes involved in the regrowth of clinically non-functioning pituitary adenoma


发表期刊   

Aging (Albany NY)

影响因子

IF=5.515

中科院杂志分区  

2 区

通讯作者所在单位

北京天坛医院神经外科  

伯豪生物提供的产品或服务

Illumina Infinium 

MethylationEPIC 850K

BeadChip


摘要:

肿瘤再生是临床无功能垂体腺瘤(NFPA) 的一个重要特征。目前尚无适用于术后患者的预后评估方法。作者旨在发现 DNA 甲基化生物标志物用于预后评估。对 71 例 NFPA 患者的肿瘤样本进行了 DNA 甲基化芯片和基因表达谱分析。对比再生组和非再生组确定差异表达基因和差异甲基化基因。发现 13 个基因的 DNA 甲基化与基因表达负相关。通过无进展生存分析发现,FAM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 与肿瘤再生有关。基于 13 个基因建立预后预测模型,6 个基因模型的 AUC 值最高 0.820。通过焦磷酸测序和 RT-PCR 对预后生物标志物进行验证。单变量 Cox 回归发现 FAM90A1 和 ING2 是肿瘤再生长的独立预后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表达水平与肿瘤的再生有关,可以作为预测 NFPA 患者预后的生物标志物。


五、在鼻咽癌中,HOPX 高甲基化通过激活 SNAIL 转录来促进转移

HOPX hypermethylation promotes metastasis via activating SNAIL transcription in nasopharyngeal carcinoma


发表期刊   

Nature Communications

影响因子

IF=11.880 

中科院杂志分区

1 区

通讯作者所在单位

中山大学肿瘤防治中心

伯豪生物提供的产品或服务

Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip


摘要:

中国华南地区,鼻咽癌有较高的发病率。目前,鼻咽癌病人的治疗方案主要取决于病人的 TNM 分期。但是,约 30% 的鼻咽癌病人虽然处于相同的 TNM 分期,采用相同的治疗方案,其结果也不尽相同。表观层面的改变对于肿瘤起始和发展,发挥着重要的作用。目前,在鼻咽癌转移发生过程中表观的改变并不清楚,也没有预测模型精确的筛选出高转移风险的鼻咽癌病人。中山大学附属肿瘤医院的科学工作者,采用甲基化 450K 芯片在全基因组范围内鉴定了鼻咽癌病人特异的转录因子 HOPX。该研究为鼻咽癌诊断提供了新的生物标记,为鼻咽癌的治疗提供了新的靶点。鼻咽癌病人中 HOPX 启动子区高甲基化导致的其表达量降低,促进了鼻咽癌细胞的迁移和侵袭。这一生物学进程是由于 HOPX 在生物体内与 HDAC2 结合,能够抑制 SRF 依赖的 SNAIL 的转录。HOPX 的甲基化程度与临床鼻咽癌病人的生存率高度相关。这一研究结果为鼻咽癌病人的恶性诊断提供了重要依据,丰富了鼻咽癌的治疗靶点。



六、IFI44L 基因甲基化水平可以作为红斑狼疮诊断标志物

IFI44L promoter methylation as a blood biomarker for systemic lupus erythematosus


发表期刊

Annals of the Rheumatic Diseases

影响因子

IF=12.350  

中科院杂志分区  

1 区

通讯作者所在单位

中南大学湘雅二院

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Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip

摘要:

系统性红斑狼疮,俗称“蝴蝶病”,是一种以过量产生多种自身抗体和多器官受累为特征的慢性炎症性自身免疫性疾病。患者内体存在多种自身抗体,抗体与抗原结合形成免疫复合物沉淀在靶组织中,引起一系列炎性介质释放,从而造成器官组织的损伤。SLE 的一个重要特征是自身抗体的存在,如 anti- 核抗体(ANAs)、anti- 双链 DNA (dsDNA) 抗体、anti-smith (Anti-Sm) 抗体等,这些抗体已被作为 SLE 患者的常规血清学标志物。然而,目前可用的 SLE 实验室标记有明显的局限性。由于该疾病的显著异质性,以及验证单个生物标志物所需要的复杂而严格的过程,目前能够帮助诊断 SLE 的共识生物标志物数量非常有限。研究人员首次利用 DNA 甲基化芯片筛选出在系统性红斑狼疮患者外周血 DNA 中的差异甲基化位点,在中南大学湘雅二医院完成了 337 名系统性红斑狼疮患者、353 名类风湿性关节炎患者以及 358 名正常人外周血 DNA 样本检测,筛选鉴定出 IF144L 基因甲基化水平可作为系统性红斑狼疮诊断的标志物,并进一步在 529 名系统性红斑狼疮患者、426 名类风湿性关节炎患者、199 名干燥综合征患者以及 569 名正常人中炎症了该标志物的特异性和敏感性。随后,Amr H. Sawalha 教授又在欧洲系统性红斑狼疮人群中进行了相关验证。


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