平台服务-转录组-Agilent表达谱芯片

表达谱芯片应用

基因表达谱芯片可使科研工作者实现在mRNA水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对象在特定生物过程中(如疾病、发育、分化、凋亡等)基因表达变化的全面信息。

 

平台: Agilent芯片平台

伯豪生物是Agilet 基因芯片服务认证服务商

 

技术特点

  1. 通用性:Agilent所有芯片相关产品都采用了1″×3″工业标准的芯片;
  2. 基于非接触式喷点的寡核苷酸原位合成技术:此种方法膜可以随时修改芯片的设计,为客户提供根据客户的研究结果定制的芯片和价格合理的定制服务;
  3. 全程质控:每个碱基的合成都由质量控制系统进行实时监测,消除碱基样点丢失及偏离现象;
  4. 高灵敏度:合成探针长达60-mer,达到检测灵敏度与特异性的较大平衡;
  5. 优化的探针设计:针对每个序列设计一个探针,有利于简化实验数据的处理;
  6. 单色或双色标记:可根据需要自由选择Cy3单色标记或Cy3/Cy5双色标记;
  7. 一致性及可重复性:芯片之间或产品批次之间具有极高的重现性。

 

Agilent认证证书

 

Agilent表达谱芯片技术流程

 

Agilent表达谱芯片种类

Agilent表达谱芯片目录

 

表达谱芯片分析流程

 

Agilent表达谱芯片技术参数

 

案例展示

案例一

多发性硬化(Multiplesclerosis,MS)是一种以中枢神经系统白质脱髓鞘和神经退行性变为主要病理特点的神经免疫性疾病和神经退行性疾病,是青壮年致残率最高的非创伤性神经疾病之一。课题组研究人员利用转录组芯片(课题相关服务由上海伯豪生物技术有限公司提供),结合分子生物学技术,发现了一个介导小胶质细胞特定极化的同源盒基因——MSX3。研究发现MSX3在多发性硬化模型小鼠病变过程中存在差异表达,并与小胶质细胞M2型极化同步。系列研究结果表明,MSX3作为激活小胶质细胞M2信号通路的重要环节,决定小胶质细胞M1-M2极化方向,可作为MS治疗的潜在靶点。

 

案例二

胸腺是T细胞发育成熟的关键中枢免疫器官,并可分泌多种胸腺激素及激素类物质。Foxn1是forkhead转录因子家族成员,过去的研究表明其在胸腺发育中起重要作用。在这篇文章中,研究人员利用全基因组表达谱分析在斑马鱼中证实Foxn1通过Mcm2在胸腺发育中起作用。研究人员在foxn1抑制(knockdown)胚胎中证实胸腺原基减少,T细胞发育受损。功能性和超显性研究表明mcm2和cdca7处于Foxn1下游,且在胸腺上皮细胞中mcm2是Foxn1的直接靶基因。最后,研究人员证实foxn1和mcm2变体(morphant)中的胸腺缺陷有可能是因为细胞增殖减少而非凋亡所致。

 

常见问题

1.Agilent表达谱芯片的RNA起始量是多少?
Agilent芯片的一次实验的最低RNA起始量为200ng,RNA纯化后的建议起始量一般为400ng。

2.技术重复和生物学重复有啥区别?
使用同一个抽提的RNA重复进行芯片杂交称为技术重复。取重复点的平均值,由于平均值与组分本身相比变异较小, 所得到的表达评价更可靠。由于抽提具有可重复的特点, 与生物学重复相比, 技术重复的测量变异程度较小。生物学重复可以定义为使用来自不同抽提的RNA样本进行杂交,例如,同一来源独立制备的样本,或者不同来源的样本(不同的组织,或者一个细胞系的不同培养物)。对每一个RNA样本制备来说,只要抽提之后的步骤是独立进行的,那么分析测量就是独立的。

3.检出率是否有一个统一的标准?
关于芯片检出率的问题,应该说没有一个统一,也不应该有统一的标准,因为芯片只是工具,而实验得到的数据只是把样本里基因表达的信息以数据的形式反映出来,所以检出率是样品本身的属性,不是评价芯片实验质量的指标。

4.如何判断一个芯片结果的好坏?
对于单标记芯片,从芯片扫描图来看,主要看有无划痕,有无图象缺失等。其实判断芯片结果更主要的是从数据来看:(1)检出率是否异常;(2)相关系数(重复性);(3)变异系数(CV值);(4)与qPCR趋势的吻合程度;(5)技术重复中差异基因的重复程度等。

 

参考文献

[1]Yu Z,Sun D, Feng J, Tan W, Fang X, Zhao M, Zhao X, Pu Y, Huang A, Xiang Z, Cao L, HeC. MSX3 Switches Microglia Polarization and Protects from Inflammation-Induced Demyelination. J Neurosci. 2015 Apr 22; 35(16):6350-65.
[2]Ma D, Wang L, Wang S, Gao Y, Wei Y, Liu F. Foxn1 maintains thymic epithelial cells to support T-cell development via mcm2 in zebrafish. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Dec 18;109(51):21040-5.