平台服务-转录组-真核转录组测序

真核mRNA测序介绍

对于真核生物来说,在具备参考基因组的情况下,基于Illumina HiSeq平台的mRNA测序能够快速获得基因表达谱;基于测定的序列可以同时对cSNP、可变剪接等转录本的序列及结构信息进行精确地分析;另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。

 

伯豪优势

  1. 样本处理:超过200种样本的RNA抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;
  2. 文库构建:低至200ng起始的建库能力,另有单细胞(微量)测序解决方案;
  3. 质控管理:ISO9001认证,Illumina CSPro认证;
  4. 数据分析:学术界权威的算法和流程;全面的分析内容;灵活的定制分析;
  5. 项目成果:协助客户发表110篇论文,最高影响因子21.506。

 

技术参数

  1. 样本类型:total RNA、组织、细胞等;
  2. 建库起始量:total RNA >=2 μg(低至200ng);浓度>=50 ng/ul;
  3. 测序模式:Illumina HiSeq PE150;
  4. 推荐数据量:>=6 Gb/样本。

 

服务流程

实验设计——样本取材——RNA抽提——polyA富集——文库构建——测序——数据分析

 

数据分析

流程图

 数据分析内容列表

 

案例展示

案例一

上海伯豪助力中国科学院上海巴斯德所揭示体内调控Treg细胞稳定性的机制。FOXP3+调节性T(Treg)细胞维持着体内免疫稳态,抑制过度激活的免疫反应。但是,体内调控Treg细胞稳定性的机制目前尚不清楚。Usp21全基因敲除的小鼠表现出脾肿大以及自发的T细胞激活,表明USP21可能具有潜在的维持免疫耐受度的作用。为了论证USP21在体内的功能,研究人员通过构建条件性敲除的Usp21小鼠,以此来研究USP21在控制Treg细胞稳定性中的作用。研究人员发现,缺乏USP21的Treg细胞出现了显著的免疫紊乱。此外,Usp21的敲除显著诱导产生更多的Th1-like Treg细胞。USP21通过调控去泛素化来稳定FOXP3以及维持Treg特有基因的表达。
原文出处:Li Y, Lu Y, Wang S, et al. USP21 prevents the generation of T-helper-1-like Treg cells. Nat Commun. 2016, 7:13559.

 

案例二

上海伯豪携手上海大学对玉米籽粒dek*突变体进行了深入的研究。Dek*是一个会导致籽粒发育迟缓并且体积变小的突变体。在该研究中,研究人员首先通过图位克隆的方法克隆得到了dek*基因。该基因编码了一个16,278bp的含有AAA-ATPase结构域的60S特异的核糖体合成因子ZmReas1。该基因的缺失严重影响了60S核糖体的形成。在该研究中,研究人员使用上海伯豪的mRNA测序服务对ZmReas1突变体中基因表达的变化进行研究发现,该基因的突变导致大量核糖体相关蛋白的表达变化。研究人员通过流式细胞仪对不同细胞的分型发现,ZmReas1的突变抑制了细胞扩增和细胞生长。
原文出处:Qi W, Zhu J, Wu Q, et al. Maize reas1 Mutant Stimulates Ribosome Use Efficiency and Triggers Distinct Transcriptional and Translational Responses. Plant Physiol.2016, 170(2):971-88.

 

案例三

上海伯豪携手张弓、王通和何庆瑜课题组利用稳态人类细胞进行了相对定量研究,在RNC-mRNA和蛋白质相对丰度之间加入mRNA的长度作为独立的因素,发现RNC-mRNA和蛋白质相对丰度与mRNA的长度之间存在显著的三元对数线性相关定量关系,R2在0.94以上,亦即超过94%的蛋白质的相对丰度可以通过其翻译中RNC-mRNA的相对量和mRNA长度计算获得。这一结果使中心法则中的定量关系难题在相对定量模型中得到初步解决。同时,该研究提出了翻译比率的新概念(translation ratio, TR),即能够进入翻译的mRNA比例,可由RNC-mRNA与总mRNA的比值获得,主要表征着翻译起始的效率。本研究发现,癌症细胞中各种mRNA的TR普遍比正常细胞上调,而且长度越短的基因具越高的TR,表明更容易被翻译。同时,具显著TR改变的基因与肺癌的恶性表型密切相关。
原文出处:Wang T, Cui Y, Jin J, et al. Translating mRNAs strongly correlate to proteins in a multivariate manner and their translation ratios are phenotype specific. Nucleic Acids Res.2013, 41(9):4743-54.