平台服务-转录组-miRNA芯片

miRNA芯片应用

筛选差异表达miRNA,差异miRNA靶基因预测。

 

平台一 Agilent芯片平台

伯豪生物是Agilet 基因芯片官方认证服务商。

 

技术特点

  1. 通过特殊的探针设计区分成熟miRNA和miRNA前体的芯片平台;
  2. 无需分离miRNA,直接用Total RNA 进行实验,只需100ng的Total RNA 即可用来进行标记实验(不包括质检所消耗的量),避免了分离、富集、放大等过程带来的影响;
  3. 样品适用范围广:组织、血清、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验;
  4. 高特异性:特殊的专利探针设计能区别一个碱基的差异;
  5. 高灵敏度:检测丰度跨4个log,高可达6个log,只要存在6000个拷贝的分子就可以检出;
  6. 数据来源于miRBase 21.0版本,并方便及时更新;
  7. 人、大鼠、小鼠之外的动物物种,可以方便的通过earray进行个性化定制。

 

芯片介绍

 

 

平台二 Affymetrix芯片平台

伯豪生物是Affymetrix基因芯片官方认证服务商。

 

技术特点

  1. 高覆盖度-涵盖miRBase Release 20中所有成熟的miRNA序列;
  2. 新型的分析-采用同样的芯片可以检测人、小鼠、大鼠或其他物种的miRNA(同时检测203个物种的miRNA);
  3. 信息量大-芯片结果包括:host gene ID、miRNA target genes、clustered miRNA等;
  4. 样本量低-仅需要130ng的total RNA;
  5. 高灵敏度:检测丰度跨4个log,可以检测到1.0 attomol的microRNA含量。

 

芯片介绍

 

伯豪特色

  1. 成熟的服务平台:稳定而系统的miRNA芯片实验全面解决方案,可为客户提供e-array芯片定制、总RNA抽提、样品质检、microRNA标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析。
  2. 多样化的服务内容:提供芯片和测序两种miRNA高通量检测技术以及低通量检测技术RT-PCR。
  3. 专业的实验人员:从RNA抽提到芯片杂交均配有专业的实验人员,丰富的芯片操作经验,确保芯片实验顺利完成。
  4. 专业的分析团队:实战经验丰富的分析团队,除能快速完成基础分析外,还能根据客户需求完成个性化分析,提供各类高大上的图表。

 

miRNA芯片分析流程

 

miRNA芯片技术参数

 

案例展示

案例一

肿瘤相关巨噬细胞(TAM)是免疫系统应答癌症的标志,会聚集在肿瘤发生的地方,尤其是在肿瘤边缘。第四军医大学的秦鸿雁研究团队在转基因小鼠模型中发现,NIC(Notch l胞内结构域)过表达对TAM分化没有影响,但会使TAM丧失功能,导致移植瘤生长受到抑制。研究人员还通过巨噬细胞miRNA图谱分析,发现miR-125a在Notch 信号通路的下游起作用的,影响M1和M2型巨噬细胞的极化。值得注意的是,转染miR-125a类似物可以增强巨噬细胞的吞噬活性,重塑免疫微环境和抑制肿瘤生长。
使用服务种类:Agilent miRNA Array服务,相关芯片技术服务由上海伯豪完成。

 

案例二

乳腺癌耐药相关蛋白(BCRP)/ ATP-结合转运蛋白G超家族成员2(ABCG2)调节乳腺癌多种药物的耐药性(MDR)。研究者探索了microRNAs在调节乳腺癌细胞中BCRP表达及BCRP-调节的药物耐药性方面所发挥的作用。经芯片检测、荧光素酶活性检测等方法验证后,最终发现MiR-181可能是乳腺癌中抑制及逆转药物耐药性的潜在靶标。
使用服务种类:Affymetrix miRNA Array服务,相关芯片技术服务由上海伯豪完成。

 

案例三

胃癌是世界第四大癌症,在所有癌症致死率排行中名列第二。每年都有超过一百万的病人被确诊为胃癌,其中75%来自亚洲。microRNA是一类小分子非编码RNA,在调控基因表达方面发挥着重要作用。最近有研究表明,不同的肿瘤显示出特异性的microRNA表达谱,肿瘤来源的microRNA能被释放到循环系统中,进入血液组织。而在血液组织中,microRNA能避免被RNase降解,具有良好的稳定性。因此,血清血浆中的microRNA有成为肿瘤生物标志物的潜力。在本文中,研究人员利用microRNA芯片,比较了胃癌患者与正常个体血清的microRNA表达谱,发现胃癌患者血清中,miR-378表达量高于正常人群。miR-378可以做为胃癌早期诊断的标志物。使用服务种类:Agilent miRNA Array服务,相关芯片技术服务由上海伯豪完成。

 

参考文献

[1] Zhao JL, Huang F, He F, Gao CC, Liang SQ, Ma PF, Dong GY, Han H, Qin HY. Forced Activation of Notch in Macrophages Represses Tumor Growth by Upregulating miR-125a and Disabling Tumor-Associated Macrophages. Cancer Res. 2016.
[2] MiR-181a enhances drug sensitivity in mitoxantone-resistant breast cancer cells by targeting breast cancer resistance protein (BCRP/ABCG2). Breast Cancer Res Treat.2013, 139:717–730.
[3] Liu HS, Zhu L, Liu BY,Yang L, Meng XX, Zhang W, Ma YY, Xiao HS. Genome-wide microRNA profiles identify miR-378 as a serum biomarker for early detection of gastric cancer. Cancer Letters. 2011 Nov 2.