平台服务-表观组-染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)

染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)技术简介

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

ChIP-Seq首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建,然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

 

伯豪特色

  1. 起始量低至10ng,建库质量优秀,失败率极低,每年五万例左右各种类型样本文库构建经验。
  2. 质控过程全程可溯,实时跟踪,反馈及时,确保数据真实可靠。
  3. 基础分析丰富,展示形式可个性化定制。
  4. 高级分析服务:专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件;根据客户的需求,提供多种个性化的实现方案。

 

实验路线

 

技术路线

 

推荐测序策略

PE150,40M reads  6G数据量

 

样品需求(ChIP富集的DNA)

  1. 样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间。
  2. 样品浓度:最低浓度不低于20ng/ul。
  3. 样品总量:每个样品总量不少于30ng。
  4. DNA片段大小:长度分布小于500bp,峰在300bp左右。
  5. 样品溶剂:溶解在H20或low TE(pH8.0)中。
  6. 样品运输:低温运输 (-20℃);建议用LoBind 管, parafilm将管口密封好,以免污染。

 

数据分析展示

图 1 peak在染色体上的分布。适合样本较少,用于整体展示peak区段在染色体上的分布。

 

图 2 peak在基因元件上的分布。

 

图 3 peak depth 与TSS距离分布展示。

 

图 4不同样本间特定基因差异peak在基因组上的展示。

 

图 5蛋白与DNA结合的模式序列。

 

案例解析

Olig2靶向染色质重塑到增强子并起始少突细胞的分化

少突细胞是一种中枢神经系统髓鞘形成中特殊的细胞类型,在大脑发育和神经元功能中起着重要作用。少突细胞的发育要经历OL祖细胞,前OL祖细胞,未成熟和成熟OL阶段。该研究中,研究人员发现ATP依赖的SWI/SNF染色质重塑酶Smarca4/Brg1的活化对于少突细胞的分化是必要的,并足以起始和促进少突细胞世系进程和成熟。通过ChIP-seq对少突细胞进行全基因组范围研究,揭示了少突细胞世系决定因子Olig2指导Smarca4/Brg1结合到少突细胞特异的增强子上。功能性分析Smarca4/Brg1和Olig2并结合染色质的遗传标记,揭示了阶段特异的顺式调节元件。综上研究结果显示,Olig2活化功能特异的Smarca4/Brg1依赖的染色质重塑调节与转录相关的染色质修饰,这对于精确地起始和建立转录的程序至关重要。这个过程促进了少突细胞的分化以及随后的髓鞘形成。

在OPC分化的起始阶段,Brg 1基因主要被RNAPⅡ调控。

 

Olig2 阻碍Brg1结合到E-box增强子元件

 

原文出处:Yu Y, Chen Y, Kim B, et al. Olig2 targets chromatin remodelers to enhancers to initiate oligodendrocyte differentiation. Cell. 2013.